Начиная с июня месяца 1974 года сотрудники Комитета госбезопасности стали очень интенсивно следить за Ниолею Садунайте.
Информатором госбезопасности стала жительница соседней квартиры учительница Айдетене. Она добросовестно следила, кто приходил к Ниоле и когда уходил. По телефону она сообщала чекистам, когда сама Ниоле уходила из дома. Спустя три дня после ареста Ниоли чекист Винцас Платинскас похвастался двоюродному брату Владасу Садунасу, что 27-го августа 1974 года в 14 часов Айдетене позвонила по телефону в Комитет госбезопасности и доложила, что на квартире у Ниоли слышны звуки пишущей машинки. Спустя два часа прибыла большая группа чекистов и, ворвавшись в квартиру Ниоли, стала проводить обыск. Сотрудники КГБ заявили Ниоле: "Если ты католичка, то как можешь печатать "Хронику КЦЛ", где только ложь и клевета о мнимых преследованиях верующих?" Ниоле смело отвечала: "Правдивость каждого в "Хронике КЦЛ" описанного преступления атеистов подтверждена слезами верующих". Чекисты еще утверждали, что статья о похоронах усопшего каноника Пятраса Рауда несомненно написана Ниолею. Она это отрицала, сказав, что если бы она писала, то она бы гораздо обширнее описала чекистами произведенные помехи во время похорон. Потом чекисты стали издеваться над покойным каноником П. Рауда. Ниоле возмутилась: "Вы все, вместе взятые, недостойны даже одного пальца ноги каноника!"
Спустя два часа от начала обыска приехал еще один чекист и приказал брату Ниоли Ионасу Садунасу ехать в Комитет госбезопасности на допрос. Ниоле протестовала, заявив, что брат болен воспалением легких и что они не вправе везти больного, однако чекисты на это не обращали внимания.
Когда брата увезли на следствие, на его квартире произвели обыск, однако ничего не обнаружили.
После ареста Ниоли Садунайте здоровье ее брата сильно ухудшилось, и он полтора месяца пролежал в больнице.
После нескольких недель следствия Ниоли чекист В. Платинскас признался Владасу Садунасу, что следователи очень нервничают, поскольку Ниоле не отвечает на их вопросы.
Следователи допрашивали многих свидетелей, приглашали родных и знакомых Ниоли, однако улик против нее не находили. Всем допрашиваемым ставились те же вопросы: "Не давала ли Ниоле читать "Хронику КЦЛ" и другую религиозную литературу, не говорила ли об издателях "Хроники КЦЛ", о преследованиях верующих?" Ответы все были отрицательные.
В начале 1975 года чекисты задержали посланное из Польши письмо на имя Ниоли. Генрик Лацвик не знал об аресте Ниоли. В письме на имя Ниоли он писал о своем пребывании в Литве в 1974 году.
В феврале 1975 года чекист В. Платинскас отправился в Польшу к Г. Лацвику. Расспрашивал его о пребывании в гостях в Литве, с какого времени он знаком с Ниолею Садунайте, а также не рассказывала ли она о "Хронике КЦЛ", о преследованиях священников и верующих в Литве, не дала ли какой-либо литературы. Ответы были отрицательные.
Время бежало, а улик против Ниоли чекисты все еще не имели, кроме при обыске взятых трех номеров "Хроники КЦЛ" и нескольких страничек "Хроники КЦЛ", отпечатанных на машинке.
На помощь чекистам пришел двоюродный брат Ниоли Владас Саду нас. По указанию чекистов, он ездил к родным и спрашивал, не давала ли Ниоле кому-либо читать "Хронику КЦЛ", религиозную литературу, не говорила ли об издателях "Хроники КЦЛ" и т.д. К двоюродному брату Витаутасу Садунасу он пошел было вместе с чекистом.
25-го марта 1975 года Регина Садунене (жена Владаса Садунаса) доставила в Комитет госбезопасности 8-ой номер "Хроники КЦЛ", хотя на суде она заявила, что это номер она как будто нашла на письменном столе мужа, но откуда он там появился - она вроде не знает. Ниоле ей ничего не давала прочесть.
Владас Садунас показал, что Садунайте Ниоле как будто дала ему читать "Хронику КЦЛ" и книжку "Симас".
Свидетель директор школы Повилайтис (см. № 8 "Хроники КЦЛ") показал, что на похоронах ученика Роберта Андрияускаса - проходивших с церковными обрядами - принимать в них участие ученикам он как будто не запрещал, поскольку они проходили не в учебном году. А когда Ниоле спросила, почему на следствии он и учит. Шлимайте показали, что проводились похороны в начале учебного года, Повилайтис растерялся и ответил, что это не имеет значения. Так и осталось неясно, когда директор говорил правду и когда лгал. Для подтверждения показания Повил айтиса ни один свидетель на суд не был приглашен.
Чекисты нашли еще одного свидетеля, согласившегося отрицать в 8-ом номере "Хроники КЦЛ" напечатанное известие (этот нужный номер в Комитет госбезопасности доставила Р. Садунене), однако следователи плохо подготовили к суду директора Повилайтиса, и на следствии он забыл им же данные показания.
Свидетель Кушлейка на суде подтвердил правдивость фактов, выдвинутых в "Хронике КЦЛ"; он подтвердил, что на самом деле его сына принуждали записаться в пионеры.
За 8 месяцев работники госбезопасности не нашли свидетеля, который бы отрицал правдивость хотя бы одного факта "Хроники КЦЛ". Не нашли, так как в "Хронике КЦЛ" неправильной информации не содержалось.
Судья Кудряшев и прокурор Бакучионис знали содержание защитительной речи Ниоли и, опасаясь, чтобы свидетели не услышали ее речи, выгнали всех из зала суда, позволив остаться лишь ее брату. В начале суда прокурор советовал Ниоле не произносить защитительной речи, тогда вроде будет возможность уменьшить наказание. Ниоле воспротивилась: "Я не спекулянт и не стану спекулировать своими убеждениями".
Позже заграничная печать писала: "На суде подсудимая и прокурор поменялись местами. Произнося свою речь, Ниоле стала прокурором, а Бакучионис - подсудимым".
Прокурор в своей обвинительной речи признал, что в Литве еще бывают случаи нарушения прав верующих.
17-го июня 1973 года судья Кудряш ев провозгласил судебный приговор: "За размножение и распространение "Хроники КЦЛ" наказывается лишением свободы на три года, отбывая срок наказания в лагерях строгого режима, и высылкою на три года". Это более похоже на слепую варварскую месть, чем на акт правосудия.
После суда следователь Пилялис как-то проговорился: "По совершенному преступлению получила слишком большое наказание".
Один больной писал в лагерь Ниоле: "В нашей советской действительности принято все называть другими словами: правду называют ложью, добро - злом, действительность - клеветою, богатырей народа - преступниками или уголовниками".
Правильность этих слов подтверждает судебная расправа с Н. Садунайте. Дело было грубо сфабриковано, а свидетели (Повилайтис и Владас Садунас) подкуплены и подготовлены госбезопасностью.
Владас Садунас, будучи в нетрезвом состоянии, признался родным, что госбезопасность его заставила дать показания, что Ниоле ему как будто передала прочесть несколько номеров "Хроники КЦЛ" и книжку "Симас". Родные его спрашивали, почему он на суде этого не объяснил. Он ответил, что в таком случае госбезопасность свернула бы ему голову.
С 27-го августа 1974 года по 20-ое июня 1975 года Ниоле провела в следственном изоляторе Комитета госбезопасности, а потом в разных камерах, предназначенных для заключенных. Несколько следователей допрашивали Ниоле. Сначала следствием руководил главный следователь по особо важным делам Петрушкявичус. Ниоле не отвечала ни на один вопрос следователя, этим выражая протест против самого дела. Потому-то, спустя один месяц, руководство следствием было передано следователю Пилялису. Но и тогда Ниоле не отвечала на предлагаемые ей вопросы.
Следователи угрожали, что, если не будет отвечать на вопросы, ее поместят в психиатрическую больницу, где будет гораздо хуже, чем в лагере, или запрут в холодный, сырой и темный карцер.
В январе и феврале 1975 года Ниоле болела бронхитом и ангиною, была высокая температура, сильно кашляла, но ей не оказали медицинской помощи.
Много унижений и насмешек ей пришлось перенести во время долгой и изнурительной дороги в Мордовию. Прибыв в лагерь и пройдя медицинский осмотр, Ниоле узнала, что после одиннадцати месяцев со времени ареста она потеряла даже пятнадцать килограммов веса. Пища в лагере очень уж однообразна и плохого качества: каша из крупы без жиров, рыба, мясные отбросы (диафрагма, легкие коровы). Осенью в течение нескольких месяцев дают суп из капусты, а когда запасы капусты кончаются, несколько месяцев подряд варят другой, все время один и тот же.
10-го октября 1975 года Ниоле заболела. У нее держалась высокая температура, очень кашляла, кружилась голова, было общее ослабление организма. Только в декабре ее положили в лагерную больницу. Не поставили диагноз болезни и еще не выздоровевшую выписали из больницы. Будучи больною, должна была шить рукавицы. В феврале 1976 года Ниолю опять отправили в больницу. И опять не поставили диагноз болезни, а 3-го марта не поправившуюся выписали из больницы.
21-го декабря 1976 года Ниоле опять заболела. Пролежала в постели десять дней, но в больницу ее не положили.
К концу зимы Н. Садунайте писала: "На работе мне везет - всегда выполняю норму шитья рукавиц. Теперь будет немного труднее - я ослабла. Но это глупость, ведь тут же весна. Пробудятся травки, а с ними и сил больше прибудет, так как мы с аппетитом глотаем всякие травы и цветы. Это витамины и калории".
Английские газеты писали, что из Англии было выслано на имя Ниоли более трехсот писем, которые вернулись обратно. Не все письма из Литвы доходят до лагеря. Цензоры вынимают из писем религиозные образки, Рождественские и Пасхальные поздравления, даже более красивые обыкновенные открытки. А также не все письма Ниоли доходят до адресатов. В январе и феврале 1977 года цензоры задержали два письма Ниоли.
С 13-го марта 1977 года по 13-ое мая Ниоле находилась в следственном изоляторе в Саранске Мордовской АССР. По дороге в Саранск она заболела бронхитом. Врачи признали хронический бронхит. Постоянно держится высокая температура.
Из Саранска она вернулась с более острым бронхитом - опять высокая температура, полное изнеможение. Поскольку больную не лечили надлежащим образом от бронхита, то получилась бронхоэктазия. Теперь уж обещают отправить Садунайте в больницу. А между тем нечеловеческое лагерное питание и все условия окончательно растачивают силы Ниоли. Ее здоровье все время ухудшается.