Nuo 1974 m. birželio mėn. Valst. saugumo komiteto darbuotojai pradėjo labai intensyviai sekti Nijolę Sadūnaitę.
Saugumo informatore tapo gretimo buto gyventoja mokytoja Aidietienė. Ji sąžiningai sekė, kas ateidavo pas Nijolę ir kada išeidavo. Telefonu pranešdavo saugumiečiams, kada pati Nijolė išeidavo iš namų. Praėjus trims dienoms po Nijolės suėmimo, saugumietis Vincas Platinskas pasigyrė pusbroliui Vladui Sadūnui, kad Aidietienė 1974 m. rugpiūčio 27 d. 14 vai. paskambino į saugumo komitetą ir pranešė, kad Nijolės bute girdisi rašomosios mašinėlės garsai. Po dviejų valandų atvyko didelė saugumiečių grupė ir, įsiveržę į Nijolės butą, pradėjo kratą. Saugumiečiai tarė Nijolei: „Esi katalikė, todėl kaip gali spausdinti „LKB Kroniką", kur surašytas tik melas ir šmeižtas apie tariamus tikinčiųjų persekiojimus". Nijolė drąsiai atsakė: „LKB Kronikoje" kiekvieno iškelto ateistų nusižengimo teisingumas patvirtintas tikinčiųjų ašaromis". Saugumiečiai dar tvirtino, kad straipsnis apie a.a. kanauninko Petro Raudos laidotuves tikriausiai yra parašytas Nijolės. Ji tai paneigė, sakydama, kad, jei ji būtų rašiusi, ji būtų žymiai plačiau aprašiusi saugumiečių įvykdytus trukdymus laidotuvių metu. Vėliau čekistai pradėjo tyčiotis iš a.a. kan. P. Raudos. Nijolė pasipiktino: „Jūs visi, kartu paėmus, nesate verti net vieno kanauninko kojos pirštelio!"
Praėjus 2 valandoms nuo kratos pradžios, atvažiavo dar vienas saugumietis ir liepė Nijolės broliui Jonui Sadūnui važiuoti į Saugumo komitetą tardymui. Nijolė protestavo, sakydama, kad brolis sergąs plaučių uždegimu ir kad jie neturį teisės ligonio vežti, tačiau saugumiečiai į tai nekreipė dėmesio.
Išvežus brolį tardymui, buvo padaryta krata jo bute, tačiau nieko nerasta.
Po Nijolės Sadūnaitės suėmimo, jos brolio sveikata smarkiai pablogėjo, ir jis išgulėjo pusantro mėnesio ligoninėje.
Po kelių savaičių Nijolės tardymo, saugumietis V. Platinskas guodėsi Vladui Sadūnui, kad tardytojai labai nervinosi, nes Nijolė neatsakinėjanti į jų klausimus.
Tardytojai apklausinėjo daugybę liudininkų: buvo kviečiami Nijolės giminės, pažįstami, bet įkalčių prieš Nijolę vis nerado. Visiems apklausinėjamiems buvo pateikiami vis tie patys klausimai: „Ar Nijolė neduodavo skaityti „LKB Kronikos" ir kitos religinės literatūros, ar nepasakojo apie „LKB Kronikos" leidėjus, apie tikinčiųjų persekiojimus?" Atsakymai vis būdavo neigiami.
1975 m. pradžioje saugumiečiai sulaikė Nijolei iš Lenkijos siunčiamą laišką. Henrikas Lacwik nežinojo apie Nijolės suėmimą. Laiške Nijolei rašė apie 1974 m. viešėjimą Lietuvoje.
1975 m. vasario mėn. saugumietis V. Platinskas nuvyko į Lenkiją pas H. Lacwik. Saugumietis klausinėjo apie jo viešnagę Lietuvoje, nuo kada pažįstamas su Nijole Sadūnaite, o taip pat ar Nijolė nepasakojusi apie „LKB Kroniką", kunigų ir tikinčiųjų persekiojimus Lietuvoje, ar nedavė kokios nors literatūros. Atsakymai buvo neigiami.
Laikas bėgo, o įkalčių prieš Nijolę saugumiečiai vis dar neturėjo, išskyrus kratos metu paimtus 3 „LKB Kronikos" numerius ir kelis „LKB Kronikos" puslapius, atspausdintus mašinėle.
Saugumiečiams patalkininkavo Nijolės pusbrolis Vladas Sadūnas. Saugumo nurodymu jis važinėjo pas gimines ir klausinėjo, ar Nijolė nedavė kam nors skaityti „LKB Kronikos", religinės literatūros, ar nepasakojo apie „LKB Kronikos" leidėjus ir t.t. Pas pusbrolį Vytautą Sadūną jis buvo nuėjęs su saugumiečiu.
1975 m. kovo 25 d. Regina Sadūnaite (Vlado Sadūno žmona) nunešė į Saugumo komitetą „LKB Kronikos" 8-jį numerį, nors teisme ji pasakė, kad minėtą numerį radusi ant vyro rašomojo stalo, bet iš kur jis atsiradęs, ji nežinanti. Nijolė jai skaityti nieko nedavusi.
Vladas Sadūnas paliudijęs, kad Nijolė davusi skaityti „LKB Kroniką" ir knygą „Simas".
Liudininkas mokyklos direktorius Povilaitis (žr. „LKB Kronikos " Nr. 8) liudijo, kad moksleivio Roberto Andrijausko laidotuvėse, kurios buvo su bažnytinėmis apeigomis, dalyvauti moksleiviams nedraudęs, nes laidotuvės vyko ne mokslo metais. Kai Nijolė paklausė, kodėl tardymo metu jis ir mokyt, Šlimaitė davė parodymus, kad laidotuvės vyko mokslo metų pradžioje, Povilaitis pasimetė ir atsakė, kad tai neturį reikšmės. Taip ir liko neaišku, kada direktorius sakė teisybę ir kada melavo. Povilaičio liudijimui patvirtinti į teismą nebuvo iškviestas nė vienas moksleivis.
Saugumas surado dar vieną liudininką, sutikusį paneigti „LKB Kronikos" 8-me numeryje atspausdintą žinutę (tą reikiamą numerį į Saugumo komitetą nunešė R. Sadūnienė), tačiau tardytojai blogai paruošė teismui direktorių Povilaitį, ir jis pamiršo tardymo metu savo duotus parodymus.
Liudininkas Kušleika teisme patvirtino „LKB Kronikos" iškeltų faktų teisingumą, patvirtindamas, kad jo sūnų tikrai vertė rašytis į pionierius.
Per 8 mėnesius saugumo darbuotojai nerado liudininko, kuris paneigtų nors vieno „LKB Kronikos" fakto teisingumą. Nerado, nes neteisingos informacijos „LKB Kronikoje" nebuvo.
Teisėjas Kudriašovas ir prokuroras Bakučionis žinojo Nijolės gynimosi kalbos turinį ir bijodami, kad Nijolės kalbos neišgirstų liudininkai, visus išvarė iš teismo salės, leido pasilikti tik jos broliui. Teismo pradžioje prokuroras patarė Nijolei nesakyti gynimosi kalbos, tada būsianti galimybė sumažinti bausmę. Nijolė pasipriešino: „Aš ne spekuliantė ir savo įsitikinimais nespekuliuoju".
Vėliau užsienio spauda rašė: „Teisme teisiamoji pasikeitė vietomis su prokuroru. Nijolė, sakydama savo kalbą, tapo prokurore, o Bakučionis—teisiamuoju.
Prokuroras Bakučionis savo kaltinamoje kalboje pripažino, kad Lietuvoje dar yra tikinčiųjų teisių pažeidimų.
1975 m. birželio 17 d. teisėjas Kudriašovas paskelbė teismo nuosprendį: „Už „LKB Kronikos" dauginimą ir platinimą baudžiama laisvės atėmimu trejiems metams, atliekant bausmę griežto režimo lageriuose ir ištrėmimu trejiems metams". Tai labiau panašu į aklą barbarišką kerštą, negu į teisingumo aktą.
Po teismo tardytojas Pilelis Nijolei prasitaręs: „Pagal padarytą nusikaltimą, gavai per didelę bausmę".
(„Mūsų tarybinėje tikrovėje viskas priimta vadinti kitais vardais").
Vienas ligonis rašė Nijolei į lagerį: „Mūsų tarybinėje tikrovėje viskas priimta vadinti kitais vardais: tiesa vadinama melu, gėris—blogiu, tikrovė—šmeižtu. Tautos didvyriai—nusikaltėliais arba kriminalistais".
Šių žodžių teisingumą patvirtina teisminis susidorojimas su N. Sadūnaite. Byla buvo grubiai sufabrikuota, netgi liudininkai (Povilaitis ir Vladas Sadūnas) specialiai saugumo papirkti ir paruošti.
Vladas Sadūnas, būdamas išgėręs, prisipažino giminėms, kad saugumas privertęs jį duoti parodymus, kad Nijolė jam davusi skaityti kelis numerius „LKB Kronikos" ir knygą „Simas". Giminės jo paklausė, kodėl jis to nepaaiškinęs teisme. Jis atsakęs, kad tada saugumas jam būtų galvą nuėmęs.
Nuo 1974 m. rugpiūčio 27 d. iki 1975 m. birželio 20 d. Nijolė praleido Valstybinio saugumo komiteto izoliatoriuje, vėliau įvairiose kaliniams skirtose kamerose. Nijolę tardė keli tardytojai. Pradžioje tardymui vadovavo ypatingai svarbių bylų vyr. tardytojas Petruškevičius. Nė į vieną tardytojų klausimą Nijolė neatsakinėjo, tuo protestuodama prieš šią bylą. Todėl po mėnesio tardymo vadovavimas buvo perduotas tardytojui Pileliui. Bet ir tada Nijolė neatsakinėdavo į pateikiamus klausimus.
Tardytojai grasino, kad, jei neatsakinės į klausimus, ją patalpinsią į psichiatrinę ligoninę, kur būsią daug blogiau negu lageryje, arba uždarysią į šaltą, drėgną ir tamsų karcerį.
1975 m. sausio ir vasario mėnesiais Nijolė sirgo bronchitu ir angina, temperatūra buvo aukšta, labai kosėjo, bet medicininė pagalba jai nebuvo suteikta.
Ilgos ir varginančios kelionės į Mordoviją metu jai teko daug patirti pažeminimų ir pasityčiojimų. Atvykusi į lagerį ir praėjusi medicininį pasitikrinimą, Nijolė sužinojo, kad, praėjus vienuolikai mėnesių nuo suėmimo, ji neteko net penkiolikos kg. svorio. Maistas lageryje yra labai vienodas ir blogos kokybės: kruopų košė be riebalų, žuvis, mėsos atliekos (karvių tešmuo, diafragma, plaučiai). Rudenį kelis mėnesius duoda kopūstų sriubą, o kai kopūstų atsargos pasibaigia, pradeda kelis mėnesius virti kitą, bet vis tą pačią sriubą.
1975 m. spalio 10 d. Nijolė susirgo. Turėjo aukštą temperatūrą, labai kosėjo, svaigo galva, buvo bendras organizmo nusilpimas. Tiktai gruodžio mėn. ją paguldė į lagerio ligoninę. Ligos diagnozės nenustatė ir dar nepasveikusią išrašė iš ligoninės. Sirgdama turėjo siūti pirštines.
1976 m. vasario mėn. Nijolė vėl buvo paguldyta į ligoninę. Ligos diagnozės ir vėl nenustatė, o kovo mėn. 3 d. nepasveikusią išrašė iš ligoninės.
1976 m. gruodžio 21 d. Nijolė vėl susirgo. Turėjo aukštą temperatūrą ir dešimt dienų išgulėjo lovoje, bet į ligoninę nebuvo paguldyta.
Žiemos pabaigoje N. Sadūnaite rašė: „Darbe sekasi— visada išpildau pirštinių siuvimo normą. Dabar bus kiek sunkiau—nusilpau. Bet tai niekis, čia pat pavasaris. Atsibus žolelės, o su jomis atsiras ir daugiau jėgų, nes mes su apetitu valgome pienes, balandas, gėlių žiedus. Tai vitaminai ir kalorijos".
Anglijos laikraščiai rašė, kad Nijolei iš Anglijos buvo išsiųsta daugiau kaip trys šimtai laiškų, kurie grįžo atgal. Ne visi laiškai lagerį pasiekią ir iš Lietuvos. Cenzoriai iš laiškų išima religinius paveikslėlius, šv. Kalėdų, Velykų pasveikinimus, netgi paprastus gražesnius atvirukus. Taip pat ne visi Nijolės rašyti laiškai pasiekia adresatus. 1977 m. sausio ir vasario mėnesiais saugumo cenzoriai sulaikė du Nijolės laiškus.
Nuo 1977 metų kovo 13 d. iki gegužės 13 d. Nijolė buvo Mordovijos ASSR Saransko tardomajame izoliatoriuje. Kelionėje į Saranską susirgo bronchitu. Gydytojai pripažino chronišką bronchitą. Nuolat laikosi aukšta temperatūra.
Iš Saransko grįžo su paaštrėjusiu bronchitu—vėl aukšta temperatūra, visiškas jėgų išsekimas. Kadangi ligonis nebuvo reikiamai gydomas, gavosi bronchoekstazas. Dabar Sadūnaite žada guldyti į ligoninę. Tuo tarpu nežmoniškas lagerio maistas ir kitos sąlygos baigia išsekinti Nijolės jėgas. Jos sveikata vis blogėja.