Gimė 1938 m. birželio 6 d. Trajoniškio kaime, Pasvalio r., valstiečių šeimoje. 1945–1949 m. mokėsi Suntautų pradžios mokykloje, 1949–1952 m. Krinčino septynmetėje, 1953–1954 m. Pasvalio vidurinėje mokykloje. 1954–1958 m. mokėsi Panevėžio hidromelioracijos technikume. 1958–1959 m. dirbo Tauragės melioracijos mašinų stotyje techniku, 1959–1963 m. Alytaus melioracijos statybos valdyboje darbų vykdytoju, 1963–1972 m. Sausinimo sistemų valdyboje vyr. inžinieriumi. 1964–1968 m. neakivaizdiniu būdu studijavo vokiečių kalbą Maskvos aukštuosiuose užsienio kalbų kursuose. Baigęs šiuos kursus, Vilniaus universitete studijavo lietuvių kalbą ir literatūrą.
Nuo 1959 m. mėgindavo stoti į Kauno tarpdiecezinę kunigų seminariją, tačiau sovietų valdžia vis neleisdavo jo priimti. Į seminariją pagaliau priimtas 1972 m., o 1977 m. gegužės 22 d. Kauno arkikatedroje įšventintas kunigu.
1977–1983 m. – Telšių katedros vikaras, vėliau (1984-1990) Skaudvilės ir Adakavo klebonas.
Šalia tiesioginės kunigo pastoracinės veiklos Vyskupo biografiją puošia kova už Tėvynės ir Bažnyčios laisvę.
1971 m. rinko parašus po garsiuoju Lietuvos Romos katalikų memorandumu, reikalaujančiu Lietuvoje tikėjimo laisvės. Iš 17000 parašų jis asmeniškai surinko 3500.
Nuo 1970 iki 1989 m. bendradarbiavo leidžiant ir platinant pogrindžio leidinius: Lietuvos Katalikų Bažnyčios kroniką (LKBK), Aušrą, Dievą ir Tėvynę, Rūpintojėlį, Alma Mater bei įvairias patriotines ir religines knygas, 1978–1980 m. Telšiuose įsteigė laikraštėlį Lietuvos jaunimui Lietuvos ateitis ir redagavo tris pirmuosius numerius (iš viso išėjo 7).
Įrengus kopijavimo aparatą Era vienuolės Onos Pranskūnaitės bute Panevėžyje (Smėlynės g. 59-70), kartu su kunigu J.Zdebskiu parūpindavo jai visas spausdinimo priemones ir platindavo savarankiškai padaugintą literatūrą tikintiesiems Alytuje, vėliau ir Kauno Kunigų Seminarijoje. Telšiuose įsigijęs kopijavimo aparatą Era, sėkmingai tęsė pogrindinę veiklą. Turėjo devynias rašomąsias mašinėles, keli žmonės perrašinėjo įvairias knygas, daugindavo, užrašinėdavo medžiagą pogrindžio leidiniams, ypač Lietuvos Katalikų Bažnyčios kronikai, registruodami tarybų valdžios neteisybes.
1977–1989 m. parašė keliasdešimt protestų apie tikinčiųjų teisių pažeidimus ir, kartu su kitais kunigais surinkęs Telšių vyskupijos kunigų bei tikinčiųjų parašus, išsiuntinėjo sovietinėms įstaigoms. Visus šiuos dokumentus pateikdavo išspausdinti LKBK 1978-1989 m., kai kuriuos – Aušroje. 1977–1984 m. Telšiuose platino rusišką kroniką Chronika tekuščich sobytij. 1984-1989 m. platino pogrindžio leidinius bei literatūrą Skaudvilėje.
1977–1989 m. buvo pogrindinės jaunimo organizacijos Eucharistijos bičiuliai narys ir vadovas Telšių vyskupijoje. Drauge su jaunimu prižiūrėjo Kryžių kalną ir platino pogrindžio leidinius. Nuo 1978 m. vesdavo jaunimui susikaupimo dienas-rekolekcijas patriotine dvasia.
1978 m. lapkričio 13 d. penki kunigai – S.Tamkevičius, A.Svarinskas, J.Zdebskis, V. Vėlavičius ir J.Kauneckas įsteigė Tikinčiųjų teisėms ginti katalikų komitetą (TTGKK). 1978-1989 m. jis buvo TTGKK narys ir sekretorius. Iš viso jie parašė 53 protestų ir reikalavimų įvairioms sovietinėms ir tarptautinėms įstaigoms bei organizacijoms. Atkūrus Lietuvos Nepriklausomybę, išleista TTGKK dokumentų knyga.
1978–1989 m. vykdavo į misijines keliones pas Sibiro katalikus vokiečius.
1990 m. paskirtas atkurtos Telšių kunigų seminarijos vicerektoriumi ir seminarijos dėstytoju. Nuo 1993 m. – Telšių seminarijos dvasios vadas, nuo 1990 m. – Telšių vyskupijos kunigų tarybos narys, nuo 1994 m. – Telšių vyskupijos konsultorius. 1993 m. Popiežiaus Jono Pauliaus II paskirtas monsinjoru. Nuo 1994 m. – Telšių ateitininkų dvasios vadas.
1998 m. rugpjūčio 21d. (Rugpjūčio 23-iosios - Juodojo kaspino dienos proga) Lietuvos Respublikos Prezidentas V.Adamkus apdovanojo kunigą J. Kaunecką Vyčio Kryžiaus ordinu už narsą, pasiaukojimą ir ištvermę, kovojant dėl tautos laisvės bei ginant žmogaus teises okupuotoje Lietuvoje.
2000 m. gegužės 13 d. nominuotas vyskupu ir paskirtas Telšių vyskupu augziliaru. Vyskupu konsekruotas 2000 m. rugpjūčio 5 d.
2000 m. liepos 1 d. Lietuvos Respublikos Prezidento dekretu Nr.929 Lietuvos nepriklausomybės atkūrimo dešimtmečio proga už nuopelnus, atkuriant ir įtvirtinant Lietuvos nepriklausomą valstybę, už kovą dėl Tautos laisvės okupuotoje Lietuvoje buvo apdovanotas Lietuvos nepriklausomybės medaliu.
2004 m. birželio 1 d. Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centras vyskupą Joną Kaunecką, antisovietinės spaudos leidėją ir platintoją, kovojusį už Lietuvos nepriklausomybę, pripažino neginkluoto pasipriešinimo (rezistencijos) dalyviu ir išdavė Laisvės kovų dalyvio pažymėjimą.
2013 m. birželio 6 d. Šv. Tėvas Pranciškus priėmė vyskupo Jono KAUNECKO atsistatydinimą iš Vyskupijos Ordinaro pareigų ir Vyskupų kongregacija paskyrė jį vakuojančio Panevėžio sosto (sede vacante) Apaštaliniu Administratoriumi iki rugpjūčio 10 d., kai naujasis vyskupas perėmė pareigas.
2014 m. vyskupas Jonas Kauneckas apdovanotas Gabrielės Petkevičaitės-Bitės atinimo medaliu "Tarnaukite Lietuvai".
Šaltinis:
