Popiežius Pranciškus 2013 metų birželio 6 dieną kunigą Lionginą Virbalą paskyrė Panevėžio vyskupu. 2015 metų birželio 11 d. Lionginas Virbalas buvo paskirtas Kauno arkivyskupu metropolitu.

Pats L. Virbalas socialiniame tinkle Facebook pasidalino tokia žinute: 

„Brangieji,

popiežiaus Pranciškaus valia praėjusį laikotarpį skyręs vyskupo tarnystei, nuo kovo 1 d. jo leidimu grįžtu darbuotis pagal mano vienuolinį kunigišką pašaukimą. Iškylant sveikatos problemoms, o ypač matydamas vienuolinio pašaukimo prasmę ir reikšmę, tikiuosi, kad taip galėsiu geriau tarnauti Dievui ir žmonėms.

Nuoširdžiai visiems dėkoju už laiką, kurį galėjau praleisti su Jumis Kauno arkivyskupijoje. Tai, kas buvo padaryta gero – tik dėka daugelio Evangelijai pasišventusių ir ištikimai Bažnyčioje tarnaujančių kunigų ir pasauliečių. 
Prašau atleisti už mano trūkumus. Visada liksite mano maldose.

Su meile Kristuje –
arkivysk. Lionginas Virbalas, SJ“